Uz sve pogodnosti rashlađivanja zatvorenih prostora, mnogi ljudi često zaborave da je obavezno redovno čišćenje i održavanje ovih uređaja jer prljavi filteri mogu ugroziti zdravlje ljudi. Neredovno čišćenje i održavanje uzrokuje loš kvalitet vazduha i neprijatne mirise ali isto tako doprinosi razmnožavanju bakterija, buđi i gljivica što može rezultirati problemima s disajnim putevima i glavoboljom ali i promenama na koži.Rasahladni aparati su neretko  leglo bakterija, buđi i gljivica i ako se ne čiste redovno, zdravstveno mogu ugroziti sve osobe a posebno one sklone alergijama.

Neprijatan miris tokom rada klime mogu izazvati i naslage prašine ili duvanskog dima ali su u prodaji dostupna specijalna sredstva u vidu spreja kojima se uređaj dezinfikuje a istovremeno čisti od bakterija i gljivica. Ipak, da bi ta sredstva bila efikasna treba ih koristiti pažljivo i striktno prema uputstvu. Važno je imati u vidu da se pravilno održavanje zbog bezbedosti ali i dužeg trajanja klima-uređaja odnosi i na spoljašnji deo te je najbolje da intervenciju vrše stručna lica. Većina proizvođača preporučuje da se klima očisti i servisira jednom godišnje.

Za zdravu upotrebu klima-uređaja važno je imati u vidu da velike temperaturne razlike i nagle promene temperature mogu dovesti do kolapsa krvnog sistema te da je neophodno bar dvadeset minuta pre izlaska iz klimatizovanog prostora klimu ugasiti kako bi se organizam lakše prilagodio. Uprkos tropskim temperaturama, razlika između temperature klimatizovanog prostora i spoljne temperature treba da bude između šest i osam stepeni jer sve preko toga dovodi do naglog širenja krvnih sudova i predstavlja veliki stres za organizam što može rezultirati čak i srčanim udarom.